AlphaFold’un önemli sınırı aşıldı: Proteinlerin farklı şekilleri görülebiliyor
Proteinlerin yalnızca nasıl göründüğünü değil, görevlerini yaparken hangi yapılara geçtiğini tahmin etmek için AlphaFold 3 tabanlı yeni bir sistem geliştirildi.
Proteinler görevlerini yerine getirirken tek bir sabit şekle sahip olmuyor. Farklı moleküllerle etkileşime girdiklerinde yapıları değişebiliyor.
AlphaFold proteinlerin üç boyutlu yapısını tahmin etmede büyük başarı sağlasa da birçok proteinde en olası tek yapıyı üretmesi önemli bir sınırlama olarak görülüyordu.
Model aynı yere gitmeye zorlanmadı
Japonya’daki araştırmacılar, AlphaFold 3’ün her tahminde daha önce oluşturduğu yapıya yaklaşmasını engelleyen yapay bir itici kuvvet ekledi.
AF3-ReD adı verilen sistem böylece aynı proteinin farklı enerji düzeylerindeki yapılarını tarayabildi.
Açık, kapalı ve ara yapıları buldu
Yöntem ATP sentezinde görev alan bir protein üzerinde denendi.
Standart AlphaFold 3 çoğunlukla proteinin açık biçimini verirken yeni sistem açık ve kapalı yapıların yanı sıra aradaki geçiş biçimlerini de tahmin edebildi.
İlaç araştırmalarında kullanılabilir
Proteinlerin farklı şekillerinin görülmesi, ilaç moleküllerinin hangi yapıya bağlanabileceğinin anlaşılmasında önemli olabilir.
Araştırmacılar yöntemin yeni protein ve ilaç adaylarının tasarımında da kullanılabileceğini belirtiyor.
Yorum Yazın